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目前市场上常用的碳源包括甲醇、醋酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源、污泥水解上清液、啤酒废水和垃圾渗滤液等。在应用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。复合碳源专门应用于污水处理系统中，以解决碳源不足而导致的出水NOx-N偏高问题，提高污水处理系统的反硝化能力，同时对强化生物除磷也有很好的效果。该产品通常用于缺氧池，反硝化滤池等缺氧区域，也可用于为厌氧反应器或者好氧反应器提供碳源。应用于城市及城镇等市政生活污水微生物处理中及屠宰、制革、食品、电镀等工业废水处理中。
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复合碳源，主要成为C和H，可被微生物全部降解，在污水处理的厌氧缺氧段，容易进入微生物体内，作为反硝化过程中的电子供体，容易被微生物吸收利用，促使硝态氮转化为氮气，实现脱氮。产品COD当量高，有限减少储运费用，闪点高，不存在使用风险，易溶于水，便于微生物吸收利用。 碳源的B/C转化率也是影响使用效果的重要指标，复合碳源的转化率较高为0.8，乙酸钠0.67，甲醇0.76，葡萄糖0.62，较高的转化率意味着相同的COD当量反硝化效率更高。
复合碳源是一种新型的碳源，它可以快速将污水中的有机物降解成小分子易吸收的有机碳。复合碳源的原材料是聚丙烯酰胺和葡萄糖液。它不需要添加任何化学品，就能把有机物分解成小分子，通过微生物代谢来完成污水中有机物的降解，同时微生物在这个过程中会合成大量的蛋白质和酶，这对污水中的氮、磷等营养元素的去除很有帮助。与使用其它原料相比，使用复合碳源成本大大降低。复合碳源使用过程简单方便，只需定期加料和观察即可。